在有些情况下，企业可以通过合理利用企业的组织形式，对企业的纳税情况进行筹划。例如，企业所得税法合并后，遵循国际惯例将企业所得税以法人作为界定纳税人的标准，原内资企业所得税核算的标准不再适用，同时规定不具有法人资格的分支机构应汇总到总机构统一纳税。不同的组织形式分别使用纳税和汇总纳税，会对总机构的税收负担产生影响。企业可以利用新的规定，通过选择分支机构的组织形式进行有效的税务筹划。 企业从组织形式上有子公司和分公司两种选择。其中，子公司是具有法人资格，能够承担民事法律责任与义务的实体；而分公司是不具有法人资格，需要由总公司承担法律责任与义务的实体。企业采取何种组织形式需要考虑的因素主要包括：分支机构盈亏、分支机构是否享受优惠税率等。
在确认过程中，客观上存在由于税务行政执法不规范从而导致税收筹划失败的风险。因为无论哪一种税，税法都在纳税范围上，都留有一定的弹性空间，只要税法未明确的行为，税务机关就有权根据自身判断认定是否为应纳税行为，加上税务行政执法人员的素质参差不齐和其他因素影响，税收政策执行偏差的可能性是客观存在的，其结果是：企业合法的税收筹划行为，可能由于税务行政执法偏差导致税收筹划方案成为一纸空文，或被认为是恶意避税或偷税行为而加以处罚；或将企业本属于明显违反税法的税收筹划行为暂且放任不管，使企业对税收筹划产生错觉，为以后产生更大的税收筹划风险埋下隐患。
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